Nathan ist ein ganz normaler Junge. Doch als er den quirligen Yo-kai „Whisper“ aus einem Spielzeugautomaten befreit, erhält er zum Dank eine Zauber-Uhr. Mit dieser Yo-kai Watch kann Nathan all die kunterbunten Wesen sehen, die man Yo-kai nennt. Sie treiben allerlei Schabernack mit den Menschen und Nathan hat ab jetzt alle Hände voll zu tun, um die Yo-kai für sich zu gewinnen. Aber der bezaubernde Yo-kai Kyubi dreht den Spieß um und will das Herz von Nathans Schwarm Katie erobern. Dabei sind dem hinterhältigen Fuchs alle Mittel recht!
